三域系统是由美国微生物学家和生物物理学家卡尔·乌斯等人在1977年提出的细胞生命形式的分类，将原核生物分成了两大类，起初称为真细菌和古细菌。乌斯依据16S 核糖体RNA序列上的差别，认为这两类生物和真核生物一起从一个具有原始遗传机制的祖先（Last universal ancestor）分别演化而来，因此将三者各置为一个“域”，作为比“界”高一级的分类系统，并分别命名为细菌域、古菌域和真核域。乌斯最初使用术语“界”来指代三个主要种系发生分组，并且这个命名法被广泛使用，一直到术语“域”在1990年被采用。
然而，rRNA树有可能将演化太快的类群放错位置（比如微孢子虫）。有人认为生物的根源应该在真细菌之内，很多真细菌的类群在古细菌之前分支出来，很晚古细菌和真核生物才彼此分开。
