指挥官(英语:commanding officer,缩写为CO),在军队编制中,拥有指挥权的军官。现代军队中,指挥官受到军法的拘束,他必需肩负对这个组织的责任,负责其部属的安危。但在这个编制中,他拥有最高的决定权,能够对其部属下达命令,要求他们执行。针对拒绝执行命令或是执行不力的部下,他通常也拥有处罚的权力。领导大型军事组织的指挥官称为司令。