陈辉祖(?-1783年),清代湖南祁阳人。
两广总督陈大受之子。乾隆二十年(1755年),以荫生授户部员外郎,后迁郎中。乾隆三十四年(1769年)十二月,任广西巡抚,乾隆三十五年(1770年),请修灵渠;乾隆三十六年(1771年)九月,任湖北巡抚;官至闽浙总督。乾隆四十六年七月,奉命查抄王亶望的家产,以四五万两白银盗换了价值九万余两的黄金,隐藏玉器,多将贵重器物占为己有。乾隆四十八年(1783年)二月,被赐自尽。 其弟陈严祖在甘肃冒赈案中被处死刑。著有《陈辉祖奏稿》。
陈辉祖本受乾隆器重,承办王覃望贪污案,惜因办案过程中目睹王贪污巨款甚多,顿起贪念占为己有,乃衍生出案中案,中饱私囊,乾隆非常伤心陈辉祖的欺君及不自检点,原判斩监候,后令其在狱中自尽。