蓝菌门(学名:Cyanobacteria),也被称为蓝绿藻,是一类能透过光合作用获取能量的细菌,但有些也能透过异营来获取能量。属于原核生物界。蓝绿藻植物菌门下物种又称蓝细菌、蓝绿菌、蓝藻或蓝绿藻及蓝菌,当中包括蓝鼓藻、蓝球藻等生物。虽然传统上归于藻类,但近期发现因为没有核膜等等,与细菌非常接近,因此现时已被归入细菌域。
蓝绿菌在地球上已存在约35亿年,是目前以来发现到的最早的光合放氧生物,对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。通过刺激生物多样性和导致厌氧生物接近灭绝,显著的改变了在地球上生命形式的组成。根据内共生学说,在植物和真核藻类发现的叶绿体是从蓝细菌祖先通过内共生进化而来的。