脊椎动物亚门是脊索动物门下的一个亚门。拉丁文学名是Vertebrata,词根是“vertebra”,意为脊椎骨。目前所知最早的脊椎动物是中国云南省昆明发现的丰娇昆明鱼,距今约五亿三千万年前。
和节肢动物壳长在体外或软体动物无骨骼不同,脊椎动物亚门的动物的脊椎都包在骨头里面,是脊索动物门中最大和最先进的亚门。这个亚门的成员拥有的肌肉大多数是一对一对的肌肉。神经系统有一部分在脊梁骨中间。循环系统较完善,有心脏可以促进血液循环。脂肪组织是绝大多数脊椎动物特有的构造,可以使之一段时间不进食,而不会能量耗竭而死。
脊椎动物亚门动物的脊椎是体内骨,有软骨也有硬骨。在动物成长时,这个骨架支持体型。因此脊椎动物可以比无脊动物长得大,而且平均体量也比较大。