微软研究院(英语:Microsoft Research,缩写为MSR)是微软公司在1991年创立硏究不同的计算机科学主题与问题的分部。微软研究院其中一个固定的目标为“支持长期的计算机科学硏究而不受产品周期所限”。
微软研究院是目前世界顶尖的研究中心之一,有很多在计算机科学、物理学、数学受到高度公认的专家及许多著名科学奖项得主在微软研究院,包括图灵奖得主东尼·霍尔、詹姆斯·尼古拉·格雷,菲尔兹奖得主Michael Freedman,沃尔夫奖得主Laszlo Lovasz,MacArthur Fellow奖金得主Jim Blinn与Dijkstra Prize奖得主Leslie Lamport。