澎湖寨巡检司,或称澎湖巡检司,设置于澎湖群岛。设治时间以1281年(元世祖至元十八年)的考证最为早,也就是根据一般史书及《元史》、《新元史》,考定:“蒙元世祖远征日本因风失败,迂回台湾,道经澎湖设治澎湖,企图进取台湾,作为征日本之准备。”
该地方区划隶属于元朝福建行省泉州府,主官为澎湖寨巡检。随后击败元朝取得中原政权的明朝仍依循前例于澎湖设置该官署,直至1384年因为实施封海政策,予以废除。1563年,考量沿海治安等因素,明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年,荷兰进取澎湖为止。