《健全的思想》是从总体上对基督教的理论基础和反动作用进行严谨的批判和揭露。其内容分为两部分，第1节到第138节是第一部分，第139节以后为第二部分。第一部分考察神学基本问题即上帝的存在和属性、灵魂不死和来世说、人的自由意志，以及天意、神迹、启示、信仰等。第二部分探讨宗教的社会作用，包括宗教与道德、政治与政府的关系，教会和僧侣言行的后果等。
