半索动物门是由一类像虫一般,生存于海底的后口动物所组成的门,通常被认为是棘皮动物的旁系群,可追溯至寒武纪早期或晚期,且包括一类已在泥盆纪时灭绝的重要化石-笔石纲。半索动物似乎有着脊索的原始型态,由前肠的憩室内长出,被称之为口索,但这更可能只是趋同演化的结果。在一些物种之中,(至少在发育初期)会有一条细长的神经管,这可能是半索动物和脊索动物及其他后口动物的共同祖先所有的原始特征。