吞噬作用（英语：phagocytosis，来自古希腊语φαγεῖν）亦称吞食、噬菌作用，是吞噬细胞和原生动物通过细胞膜从周围环境摄取固体颗粒，并在其内部形成吞噬体的过程。
吞噬作用是细胞内吞作用的特殊形式，是将周围环境中的固体颗粒例如细菌等通过小泡的形式吞食进入细胞内部，这点与吞饮外部液体的胞饮作用等内吞作用的其他形式相区分。对于一些细胞而言，吞噬作用是为了获取营养物质，而在免疫系统中，这一细胞机制更多地用于清理病原体和细胞碎片等。细菌、死亡的组织细胞以及矿物质微粒都可以成为被吞噬的对象。
对于单细胞生物而言，吞噬作用与进食活动是同源的，而对于除丝盘虫以外的多细胞生物而言，这一机制更多地服务于细胞碎片与病原体的清理，而非为细胞活动提供能量。
