细菌可以按照由光学显微镜观察到的形态和聚集方式分类。
细菌的结构简单,几乎所有细菌按照上述标准都可以被归入球菌、杆菌与螺旋菌或弧菌之列。其中,杆菌最为常见,球菌次之。细菌还有其它形形色色的形态——比如说螺旋菌的螺旋形(spirochetes)、弧形菌的弧形、球杆菌的球杆形,甚至正方形(比如说一种名为“Haloquadratum(英语:Haloquadratum)”的古细菌就是这种形状)。