蒙古国时期，军官名号不一，而且职位世袭，属下军队大多数具有家兵的性质，既不利于管理，也有损于汗权的集中。
　　
　　忽必烈针对这一状况，采取了一系列措施。至元元年（1264）十二月，“始罢诸侯世守。立迁转法”（《元史・世祖纪二》）。也就是说，为防止汉军将领（即“诸侯”，或称“汉人世侯”）拥兵自重，不再承认他们世袭军职、世掌固定军队的权力，军官均由朝廷调派，由此改变了汉军掌握在私家手里的情况。探马赤军从蒙古军中分离出来后，将领也经常调动，军队不再是将领的私兵。
　　
　　原来汉人世侯不但掌管军队，还兼管所在地区的民政。中统三年（1262）十一月，朝廷作出明确规定：“诸路管民官理民事，管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄。”（《元史・世祖纪二》）在对宋战争中，作为临时性办法，军官在江南南宋旧土兼理民政，“凡以千户守一郡，则率其麾下从之，百户亦然”（《元史・兵志二》）。至元十五年（1278）三月，重申军民异属之制，南北划一，军民分治，只有草原上的蒙古千户，仍然保持着军政合一的旧制。
　　
　　世祖至元七年（1270），确定以管领军队多偾分军官等级。二十一年?284），又规定了军官的品级、各军府设军官的人数以及军官所持的符牌标准。
　　
　　万户府分为上、中、下三等。上万户府统兵七千人，中万户府五千人，下万户府三千人。侍卫亲军各卫，与上万户府等级相同。万户府置达鲁花赤、万户、副万户各一员。侍卫亲军各卫置都指挥使、副都指挥使，有的卫设达鲁花赤。
　　
　　千户所也分为上、中、下三等。上千户所统兵七百人，中千户所五百人，下千户所三百人。千户所置达鲁花赤、千户、副千户各一员。
　　
　　百户所只分上、下两等。上百户所统兵七十人，下百户所五十人，各置百户一至二员。
　　
　　百户之下，设牌子头，有时设“五十户”之职。
　　
　　此外，万户之下，还有总管、镇抚等军职；千户之下有总把，百户之下有弹压等职。
　　
　　军官和民官一样，亦有俸禄。成宗时，由于在各地的民官都有职田，乃规定在京官员增发禄米。以后侍卫亲军军官大多有禄米，各地军官则只有俸禄。
　　
　　进入元朝之后，民官不再持有符牌，只有军官才能佩符牌。牌与符是一回事，分为虎头金牌、平金牌、平银牌三等，又称为虎符、金符和银符。大致上是万户佩虎符，千户佩金符，百户佩银符。虎符还有三珠、二珠、一珠的区别，三珠为最高，只有上万户府达鲁花赤，万户以上的掌军者才能发给。符牌由政府颁发，军官升迁或去职后，按规定都要交回原来持有的符牌。
　　
　　和其他朝代一样，元朝也实行勋阶制度。规定武散官三十四阶，起于正二品，终于从八品。军官实职、勋阶、品级与俸禄的情况，特表列于前。
　　
　　军官的承袭，亦有了具体的规定。如果军官阵前战死，其子孙本等承袭（按前辈原来的品级袭职）；如果病死，降二等承袭；军官年满七十致仕，子孙亦可袭职，与病死者同等对待。承袭者必须年满二十岁，按照规定要进行武艺和文化水平考核。由于承袭者可以是儿子，也可以是兄弟或子侄，承袭顺序不清楚，经常发生争执，有的相争七八年不能解决。仁宗皇庆元年（1312）对此特别规定，必须由嫡长子承袭，其次是嫡长孙，这是第一顺序。如果没有嫡长子孙或嫡长子孙不够承袭年龄，则改由第二顺序，即庶子、兄、弟、侄等承袭。嫡长子孙及龄后，第二顺序承袭者要将职位交回他们手中。
　　
　　在实行军官世袭的同时，还实行军官迁转的办法，一般是以三年为满，通行迁转，但出征时要验功过决定升降。掌管探马赤军的军官升迁后，原来的职位由他们的“弟侄儿男”继任；掌管汉军的军官升迁后，留下的职务由他人继任。

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