命名

限制酶的命名是根据细菌种类而定，以EcoRI为例：

类型

根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第一型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。

第一型限制酶

同时具有修饰（modification）及认知切割（restriction）的作用；另有认知（recognize）DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位（cleavage site）距离认知位（recognition site）可达数千个碱基之远，并不能准确定位切割位点，所以并不常用。例如： Eco B、 Eco K。

第二型限制酶

只具有认知切割的作用，修饰作用由其他酶进行。所认知的位置多为短的回文序列（palindrome sequence）；所剪切的碱基序列通常即为所认知的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。例如： Eco RI、 Hind III。

第三型限制酶

与第一型限制酶类似，同时具有修饰及认知切割的作用。可认知短的不对称序列，切割位与认知序列约距24-26个碱基对，并不能准确定位切割位点，所以并不常用。例如： Eco PI、 Hinf III。

例子

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