吴文元(1431年-?),字善长,福建建宁府瓯宁县人,明朝政治人物。进士出身。
福建乡试第八十九名。成化二年(1466年),参加丙戌科会试,得贡士第六十一名。殿试登进士第三甲第六十名。曾祖父吴子安。祖父吴仲铭。父亲吴智,曾任国子助教。