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六姓主要源自：姬姓、子姓。
六姓起源一
源于姬姓，出自西周后期周宣王时大夫姬方叔之后，属于避祸改姓为氏。明朝初期，方氏一族因明臣大儒方孝孺拒礼燕王朱棣，而遭受一次空前劫难，燕王诛杀了方孝孺，同时灭其十族(九族加上学生)，受株连而死者达八百七十余人，被入狱充军者几达万人。许多后裔族人被迫纷纷改姓，四散奔命。方孝孺的一支后人改姓为六氏，多居今江苏扬州江都一带。还有人改姓为旋氏、万氏等，逃至钧州(今河南禹州)，后发展成大族。
该支六氏、旋氏、万氏，均为明初大儒方孝孺的宗族后人或门生弟子，“旋”字是“方”字的增笔，“六”字是“方”字的减笔，而“万”字则是“方”字的变笔。
六姓起源二
源于子姓，出自春秋时期宋国国君宋桓公子御说，属于以先祖名字为氏。据史籍《通志·氏族略》记载，宋国有个国君叫子卿，原名叫子御说，是宋湣公(宋闵公)子捷之弟。周庄王姬佗十五年（宋湣公十年，公元前682年），大夫南宫长万因受到君主戏弄和侮辱，忿杀宋湣公，立公子子游为君。其他诸公子借曹国军队反击，杀公子子游，立公子子御说为君，是为宋桓公。子御说宠妃甚多，生有七子：子兹甫、子目夷、子三种、子四鱼、子五荡、子六鳞、子七肸。一直到周襄王姬郑元年(宋桓公三十一年，公元前651年)春天病逝，由长子兹甫继位，也就是后来鼎鼎大名的春秋五霸之二、愚仁宋襄公。
在宋桓公第六子子六鳞的后裔子孙中，有以先祖名字为姓氏者，称六氏、鳞，世代相传至今，是非常古老的姓氏之一。
六姓起源三
源于满族，出自西周后期周宣王时大夫姬方叔之后，属于避祸改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：满族宁古塔氏，出自清六祖即清景祖翼皇帝佟·觉昌安兄弟六人的世居地，后以地为氏，满语为Ningguta Hala，汉义“六”。清六祖，是指清兴祖直皇帝佟·福满的六个儿子，佟·福满当时是明朝的辽东都督，其六子分别是：长子佟·德世库，次子佟·刘阐，三子佟·索长阿，四子佟·觉昌安，五子佟·包朗阿，六子佟·宝实。佟·福满逝世后由佟·觉昌安承袭都督之爵，驻居于赫图阿喇(今辽宁新宾永陵镇)，其他五个兄弟也各自筑城，近者距赫图阿喇五里，远者也不过遥距二十里，环卫赫图阿喇而居，这六个人在当时通称宁古塔贝勒，后来被后世后金大汗佟·努尔哈赤尊为“满清六祖”。清六祖的后裔子孙世居宁古塔(今黑龙江宁安)、绥分(今中俄交界绥分河上游地区)、珲春(今吉林珲春)、讷殷(今吉林抚松松花江上游流域)、佟吉(今吉林敦化南部)等地。清朝中叶以后，清六祖后裔中的宁古塔氏族人多冠汉姓为六氏、宁氏、刘氏、艾氏、文氏等，皆世代相传至今。
另外，满族宁古塔氏大家族有一个分支，称纽塔氏，亦称努他氏，满语为Nunta mongu，为宁古塔氏四大分支之一，自己后来也有四个分支，祖居地亦在宁古塔，后多冠汉姓为六氏、刘氏、柳氏等。
